不少企業首次進行碳盤查，往往急於收集電費單、燃氣用量及公務車里程，再套用排放因子計算碳排放量。然而，真正決定盤查結果的第一個問題，並非計算公式，而是「邊界」：哪些公司、廠房、辦公室及業務活動應被納入？若邊界設定不同，即使採用完全相同的數據和排放因子，同一企業亦可能得出截然不同的碳排放總量。
碳盤查邊界主要分為組織邊界與營運邊界。組織邊界回答的是「哪些企業實體和營運據點屬於報告範圍」；營運邊界則進一步判斷，納入的排放應歸類為範圍一、範圍二還是範圍三。兩者看似是技術定義，實際上涉及集團控制權、投資架構、外判安排，以至企業應否為供應鏈排放承擔責任。
在設定組織邊界時，企業一般可採用股權比例法或控制法。股權比例法按照企業在某項業務中的經濟權益比例確認排放。例如，一家上市公司持有某合營工廠40%股權，便把該工廠40%的排放計入自身碳盤查。這種方法較能反映企業分享經濟利益及承擔風險的程度，也與部分財務投資分析的思路接近。
控制法則不是單純按照持股比例，而是判斷企業是否對該實體具有控制權。控制又可分為財務控制和營運控制。財務控制通常着眼於企業是否有能力主導財務及經營政策；營運控制則關注企業能否制定和執行日常營運政策，包括能源使用、設備管理和環境制度。若企業持有一間附屬公司60%股權並掌握營運，其排放通常會按100%納入，而非只計算60%。
因此，一個跨地區集團採用股權比例法與營運控制法，可能得出非常不同的結果。假設集團全資擁有品牌及銷售公司，但生產主要來自只持有少數股權、卻由集團負責營運的工廠；採用營運控制法時，工廠的直接排放可能全部納入。
外判不等於排放消失，三個範圍須看責任而非帳面
完成組織邊界後，企業才可設定營運邊界。範圍一是企業擁有或控制來源產生的直接排放，例如自有鍋爐燃燒燃料、廠房生產過程、公務車耗油，以及冷氣系統製冷劑洩漏。範圍二是企業購買電力、蒸汽、供熱或製冷所帶來的間接排放。雖然發電廠的煙囪不在企業廠房內，但用電需求由企業營運產生，因此必須獨立計算。
範圍三則涵蓋價值鏈的其他間接排放，包括原材料、物流、商務出行、員工通勤、廢物處理、產品使用、產品報廢及投資活動等。它通常是最龐大、最難收集數據，亦最容易被選擇性忽略的部分。對零售、科技、金融及品牌企業而言，範圍一和二可能很低，但範圍三卻可能佔整體碳足跡的大多數。
外判業務正好說明邊界的重要性。企業若出售工廠，改由外部供應商代工，帳面上的範圍一排放會大幅下降，但產品及產量沒有改變，實際排放可能只是由企業直接排放轉移至範圍三的採購排放。
合營企業的判斷同樣不能只看公司名稱。假如上市公司與合作方各持有50%，但由上市公司負責廠房管理、設備採購及安全環保政策，採用營運控制法時，有關排放可能需要全數納入。相反，企業即使持有較高股權，若重大營運決策必須取得另一方同意，也未必具有完整控制。碳盤查因此需要財務、法務、營運與可持續發展團隊共同判斷，不能只由環保部門依照股權表機械處理。
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